Çevresinden gelen telkinlerle Süfyân b. Uyeyne ve Müslim b. Hâlid ez-Zencî’den ilim tahsiline başladı. Bu dönemdeki hocaları arasında Saîd b. Sâlim, Abdülmecîd b. Abdülazîz b. Ebû Revvâd, Abdullah b. Hâris el-Mahzûmî, Dâvûd b. Abdurrahman el-Attâr, dedesinin amcasının oğlu Muhammed b. Ali b. Şâfi‘, Abdurrahman b. Ebû Bekir el-Müleykî, Fudayl b. İyâz, Abdülazîz b. Abdullah b. Ebû Seleme el-Mâcişûn’un adları da geçer (Zehebî, X, 6; Safedî, II, 172). Böylece İbn Abbas’ın Amr b. Dînâr, İbn Cüreyc ve Atâ b. Ebû Rebâh yoluyla intikal eden ilim çizgisini tanıdı (Zehebî, X, 85-86; Ebü’l-Fidâ İbn Kesîr, s. 105; İbn Hacer el-Askalânî, s. 72-73).

​

   Şâfiî yine telkinler üzerine Mâlik b. Enes’e gitmeye karar verince ödünç aldığı bir nüshadan el-Muvaŧŧaǿı ezberledi. Ardından hocası Müslim b. Hâlid ez-Zencî’nin Mâlik’e ve Mekke valisinin Medine valisiyle Mâlik’e hitaben yazdığı mektupları alarak Medine’ye gitti. Mâlik’le tanışmasına aynı zamanda kendi akrabası olan Medine valisi aracılık etti. Zehebî bu sırada Şâfiî’nin yirmi yaşını biraz geçmiş olduğunu belirtir. Mâlik başlangıçta onu öğrencilerinden birine bağlamak istediyse de yeteneğini sezince bizzat ilgilenmeye karar verdi (Ahmed b. Hüseyin el-Beyhakī, I, 102-104; Zehebî, X, 6; İbn Hacer el-Askalânî, s. 55-56). Bu talebeliği hocasının vefatına kadar (179/ 795) devam etti. el-Muvaŧŧaǿ râvileri listesine giren Şâfiî (Kādî İyâz, I, 62, 202) hocasının ilmî birikimine en iyi nüfuz eden öğrencilerinden oldu. Ayrıca ulemânın ihtilâfına ilgi duyduğu için burada İbrâhim b. Ebû Yahyâ, Abdülazîz ed-Derâverdî, Attâf b. Hâlid, İsmâil b. Ca‘fer el-Ensârî ve İbrâhim b. Sa‘d gibi hocalardan ders aldı (Zehebî, X, 7); fakat hiçbiri Mâlik kadar ilmî kişiliğine tesir edemedi.

​

   Mâlik b. Enes’in vefatı üzerine Şâfiî muhtemelen Mekke’ye döndü. O sırada Hicaz’da bulunan Yemen valisi, Şâfiî’nin dayılarından birinin ricasıyla onu Yemen’e davet etti. Şâfiî’nin bu yolculukta harcayacak parası olmadığından annesi evini rehin ederek aldığı borçla yol masraflarını karşıladı. Yemen’de bir kamu görevi alıp burada yaklaşık beş yıl kalan Şâfiî’nin San‘a’da Hz. Osman’ın torununun torunu olan Hamdeh (Cemîle) adlı hanımla evlendiği kaydedilmektedir (Ebû Âsım el-Abbâdî, s. 30-31; Ahmed b. Hüseyin el-Beyhakī, I, 86). Bir yandan Mutarrif b. Mâzin, Hişâm b. Yûsuf el-Kādî gibi hocalardan faydalanarak ilim tahsilini, diğer yandan buradaki görevini sürdüren Şâfiî çok geçmeden kendini siyasî bir entrikanın içinde buluverdi. Dönemin hassasiyetlerine uygun bir tertip neticesinde yönetime karşı bir ayaklanmayı örgütlemekle suçlandı ve tutuklanıp Halife Hârûnürreşîd’in huzuruna çıkarılmak için Rakka’ya götürüldü. Beraberinde bulunanlar idam edilirken Şâfiî güçlükle kurtulabildi. 184 (800) yılında gerçekleşen bu olay Muhammed b. Hasan eş-Şeybânî ile tanışmasına vesile oldu. Bir süre Rakka’da veya Bağdat’ta göz hapsinde tutulan Şâfiî bu sırada Şeybânî’nin derslerine devam etti. Ardından Hârûnürreşîd’in, kendisiyle ilgili olumsuz kanaatinin değiştiğini bildirip onu 4000 (veya 10.000) dirhemle ödüllendirmesi üzerine Bağdat’tan ayrılarak Mekke’ye döndü (Kādî İyâz, I, 395-396; Sübkî, II, 100-101). Ancak zorunlu ikametin ne kadar sürdüğü tesbit edilemediği için Mekke’ye dönüş tarihi kesin olarak bilinmemektedir.

 

   Şâfiî, Bağdat’taki ikameti sırasında Şeybânî’nin eserlerini temin etmeye çalışarak ehl-i re’yin temsilcisi konumundaki Hanefî birikiminin zayıf yönlerini tesbite koyuldu (İbn Ebû Hâtim, s. 33-34; Ebü’l-Fidâ İbn Kesîr, s. 79-80). Daha sonra gerek Bağdat’ta gerekse Mekke’de Şâfiî ile Şeybânî arasında münazaralar cereyan etti, hatta bunlardan en az biri Halife Hârûnürreşîd’in huzurunda gerçekleşti. Şâfiî’nin ancak Mâlik b. Enes’in vefatının ardından münazaralara katıldığı ve Ebû Yûsuf’un vefat tarihine kadarki üç yıllık süreyi (795-798) çoğunlukla Yemen’de geçirdiği dikkate alındığında onun Ebû Yûsuf ile de münazaraları olduğu yönündeki rivayetleri ihtiyatla karşılamak gerekir. Nitekim Zehebî, Şâfiî’nin Bağdat’a Ebû Yûsuf’un vefatından sonra gittiğini ve Ebû Yûsuf’la karşılaşmadığını açıkça belirtmektedir (AǾlâmü’n-nübelâǿ, X, 50). Şeybânî’nin ders halkasına devam etmekte iken sırf ilmini sınamak amacıyla Şâfiî’nin meclisine katılıp onun bilgisinden ve metodundan etkilenen Ebû Sevr’in anlattığı iki anekdot (Ahmed b. Hüseyin el-Beyhakī, I, 221; Şîrâzî, s. 101-102), Şâfiî’nin Bağdat’a ilk gidişinde ya uzun bir süre kaldığını ya da Şeybânî hayatta iken ikinci defa gidip onunla münazaralara girdiğini, hatta ders halkası kuracak ölçüde bir çevre edindiğini göstermektedir. Şâfiî’nin Bağdat’ta Şeybânî dışında İsmâil b. Uleyye, Abdülvehhâb es-Sekafî gibi hocalardan ilim tahsil ettiği bilinmekle beraber (Zehebî, X, 7) bunun 184’teki (800) ilk gidişi sırasında mı yoksa daha sonra mı gerçekleştiği açık değildir. Aynı şekilde Şâfiî’nin Bağdat’taki ilk ikameti esnasında Ahmed b. Hanbel’le tanıştığına dair rivayetle ilgili soru işaretleri bulunmaktadır (Ebü’l-Fidâ İbn Kesîr, s. 83).